Quantcast

Re: clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default (FIXED DATA)

classic Classic list List threaded Threaded
3 messages Options
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default (FIXED DATA)

Cesar, Chris P
Part 2: Apologies, some copy/paste gremlins took over my previous post.  Attempt 2 at posting my data/code

Apologies for taking up your screens.

Best regards,

Chris

#####################################################
#### IMPORT DATA {Apologies, it's very messy...}

df <-
  structure(
    list(
      Abratenu = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603
      ),
      Austmode = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        137.160307989322,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Capitell = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        58.7829891382809,
        0,
        78.3773188510412,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        58.7829891382808
      ),
      Cerstdrm = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603
      ),
      Ceraedul = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        901.339166786972,
        0,
        58.7829891382808,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        7994.4865228062,
        0,
        0,
        0,
        0,
        5231.68603330699
      ),
      Copepoda = c(
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        607.424221095569,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Cumogood = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Eteolong = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        58.7829891382809
      ),
      Hausaren = c(
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        78.3773188510412,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0
      ),
      Laniconc = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        195.943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        156.754637702082
      ),
      Limebalt = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        97.9716485638014,
        0,
        0,
        0,
        0,
        293.914945691404
      ),
      Littlitt = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Melipalm = c(
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Mcrphthl = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Nematoda = c(
        97.9716485638015,
        999.310815350775,
        19.5943297127603,
        39.1886594255206,
        0,
        78.3773188510411,
        1097.28246391458,
        97.9716485638014,
        39.1886594255206,
        313.509275404164,
        156.754637702082,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        3879.67728312653,
        0,
        39.1886594255206,
        97.9716485638014,
        0,
        78.3773188510412,
        235.131956553124,
        372.292264542445,
        0,
        0
      ),
      Nemertea = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0
      ),
      Parafult = c(
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Parafulg = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Periulva = c(
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        2664.8288409354,
        0,
        431.075253680726,
        0,
        0,
        391.886594255207,
        39.1886594255206,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        58.7829891382809,
        0,
        19.5943297127603,
        0
      ),
      Petrphol = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Phylmuco = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Protchae = c(
        313.509275404165,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Pygoeleg = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        97.9716485638015,
        0,
        0,
        0,
        0,
        470.263913106248
      ),
      Scolsqua = c(
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        117.565978276562,
        39.1886594255206,
        19.5943297127603,
        0,
        176.348967414843,
        274.320615978644,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        78.3773188510412,
        764.178858797652,
        0
      ),
      Scolarmi = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        313.509275404165,
        0,
        0,
        0,
        0,
        333.103605116925
      ),
      Tharyx = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603
      ),
      Tubipseu = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        176.348967414842
      ),
      Turbellr = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Urotpose = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603
      ),
      Nephtys = c(
        0,
        0,
        78.3773188510412,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        176.348967414843,
        0,
        0,
        0,
        0,
        58.7829891382808,
        0,
        0,
        117.565978276562,
        137.160307989322,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603
      ),
      Pontcrts = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0
      ),
      Bathypor = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        39.1886594255206,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0
      ),
      Corophim = c(
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        58.7829891382808
      ),
      Eurydice = c(
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        0,
        39.1886594255206,
        19.5943297127603,
        333.103605116925,
        0,
        0,
        0,
        0,
        0,
        19.5943297127603,
        0,
        0,
        235.131956553123,
        0
      )
    ),
    .Names = c(
      "Abratenu",
      "Austmode",
      "Capitell",
      "Cerstdrm",
      "Ceraedul",
      "Copepoda",
      "Cumogood",
      "Eteolong",
      "Hausaren",
      "Laniconc",
      "Limebalt",
      "Littlitt",
      "Melipalm",
      "Mcrphthl",
      "Nematoda",
      "Nemertea",
      "Parafult",
      "Parafulg",
      "Periulva",
      "Petrphol",
      "Phylmuco",
      "Protchae",
      "Pygoeleg",
      "Scolsqua",
      "Scolarmi",
      "Tharyx",
      "Tubipseu",
      "Turbellr",
      "Urotpose",
      "Nephtys",
      "Pontcrts",
      "Bathypor",
      "Corophim",
      "Eurydice"
    ),
    class = "data.frame",
    row.names = c(NA,
                  27L)
  )

## Load package
require(clustsig)
set.seed(4656)
sim <- simprof(df, method.transform = "squareroot",
               method.distance = "braycurtis")
### if I use Euclidean, I don't get an error, so presumably it's a bray-curtis thisg?
sim
#####################################################
#####################################################
Information in this message may be confidential and may be legally privileged. If you have received this message by mistake, please notify the sender immediately, delete it and do not copy it to anyone else.

We have checked this email and its attachments for viruses. But you should still check any attachment before opening it.
We may have to make this message and any reply to it public if asked to under the Freedom of Information Act, Data Protection Act or for litigation.  Email messages and attachments sent to or from any Environment Agency address may also be accessed by someone other than the sender or recipient, for business purposes.

                                            To report this email as SPAM, please forward it to [hidden email]

_______________________________________________
R-sig-ecology mailing list
[hidden email]
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default (FIXED DATA)

Cesar, Chris P
Thanks to Roman Luštrik for suggesting putting the code into a gist.

Third time lucky:

https://gist.github.com/chriscesar/4204bc6cb9be0240636c3f52eae07258#file-clustsig-woes-r

Thanks,

Chris

If this doesn't work, I'll stop filling everybody's Inboxes and use PRIMER :)

(... and once again, apologies to all)
Information in this message may be confidential and may be legally privileged. If you have received this message by mistake, please notify the sender immediately, delete it and do not copy it to anyone else.

We have checked this email and its attachments for viruses. But you should still check any attachment before opening it.
We may have to make this message and any reply to it public if asked to under the Freedom of Information Act, Data Protection Act or for litigation.  Email messages and attachments sent to or from any Environment Agency address may also be accessed by someone other than the sender or recipient, for business purposes.

                                            To report this email as SPAM, please forward it to [hidden email]

_______________________________________________
R-sig-ecology mailing list
[hidden email]
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default (FIXED DATA)

Roman Luštrik
In reply to this post by Cesar, Chris P
Sorry to be of no help here (restrained for time), but could it be that
because `undef.zero` is not defined explicitly
<https://github.com/cran/clustsig/blob/master/R/simprof.R#L64>, the
argument  doesn't get passed on?
Try checking out the repository, explicitly define the argument and run the
analysis. You can use devtools to speed up the development cycle.

Cheers,
Roman

On Fri, Feb 10, 2017 at 9:54 AM, Cesar, Chris P <
[hidden email]> wrote:

> Part 2: Apologies, some copy/paste gremlins took over my previous post.
> Attempt 2 at posting my data/code
>
> Apologies for taking up your screens.
>
> Best regards,
>
> Chris
>
> #####################################################
> #### IMPORT DATA {Apologies, it's very messy...}
>
> df <-
>   structure(
>     list(
>       Abratenu = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603
>       ),
>       Austmode = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         137.160307989322,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Capitell = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         58.7829891382809,
>         0,
>         78.3773188510412,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         58.7829891382808
>       ),
>       Cerstdrm = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603
>       ),
>       Ceraedul = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         901.339166786972,
>         0,
>         58.7829891382808,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         7994.4865228062,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         5231.68603330699
>       ),
>       Copepoda = c(
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         607.424221095569,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Cumogood = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Eteolong = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         58.7829891382809
>       ),
>       Hausaren = c(
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         78.3773188510412,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0
>       ),
>       Laniconc = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         195.943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         156.754637702082
>       ),
>       Limebalt = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         97.9716485638014,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         293.914945691404
>       ),
>       Littlitt = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Melipalm = c(
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Mcrphthl = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Nematoda = c(
>         97.9716485638015,
>         999.310815350775,
>         19.5943297127603,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         78.3773188510411,
>         1097.28246391458,
>         97.9716485638014,
>         39.1886594255206,
>         313.509275404164,
>         156.754637702082,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         3879.67728312653,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         97.9716485638014,
>         0,
>         78.3773188510412,
>         235.131956553124,
>         372.292264542445,
>         0,
>         0
>       ),
>       Nemertea = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0
>       ),
>       Parafult = c(
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Parafulg = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Periulva = c(
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         2664.8288409354,
>         0,
>         431.075253680726,
>         0,
>         0,
>         391.886594255207,
>         39.1886594255206,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         58.7829891382809,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0
>       ),
>       Petrphol = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Phylmuco = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Protchae = c(
>         313.509275404165,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Pygoeleg = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         97.9716485638015,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         470.263913106248
>       ),
>       Scolsqua = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         117.565978276562,
>         39.1886594255206,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         176.348967414843,
>         274.320615978644,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         78.3773188510412,
>         764.178858797652,
>         0
>       ),
>       Scolarmi = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         313.509275404165,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         333.103605116925
>       ),
>       Tharyx = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603
>       ),
>       Tubipseu = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         176.348967414842
>       ),
>       Turbellr = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Urotpose = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603
>       ),
>       Nephtys = c(
>         0,
>         0,
>         78.3773188510412,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         176.348967414843,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         58.7829891382808,
>         0,
>         0,
>         117.565978276562,
>         137.160307989322,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603
>       ),
>       Pontcrts = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0
>       ),
>       Bathypor = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         39.1886594255206,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0
>       ),
>       Corophim = c(
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         58.7829891382808
>       ),
>       Eurydice = c(
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         0,
>         39.1886594255206,
>         19.5943297127603,
>         333.103605116925,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         0,
>         19.5943297127603,
>         0,
>         0,
>         235.131956553123,
>         0
>       )
>     ),
>     .Names = c(
>       "Abratenu",
>       "Austmode",
>       "Capitell",
>       "Cerstdrm",
>       "Ceraedul",
>       "Copepoda",
>       "Cumogood",
>       "Eteolong",
>       "Hausaren",
>       "Laniconc",
>       "Limebalt",
>       "Littlitt",
>       "Melipalm",
>       "Mcrphthl",
>       "Nematoda",
>       "Nemertea",
>       "Parafult",
>       "Parafulg",
>       "Periulva",
>       "Petrphol",
>       "Phylmuco",
>       "Protchae",
>       "Pygoeleg",
>       "Scolsqua",
>       "Scolarmi",
>       "Tharyx",
>       "Tubipseu",
>       "Turbellr",
>       "Urotpose",
>       "Nephtys",
>       "Pontcrts",
>       "Bathypor",
>       "Corophim",
>       "Eurydice"
>     ),
>     class = "data.frame",
>     row.names = c(NA,
>                   27L)
>   )
>
> ## Load package
> require(clustsig)
> set.seed(4656)
> sim <- simprof(df, method.transform = "squareroot",
>                method.distance = "braycurtis")
> ### if I use Euclidean, I don't get an error, so presumably it's a
> bray-curtis thisg?
> sim
> #####################################################
> #####################################################
> Information in this message may be confidential and may be legally
> privileged. If you have received this message by mistake, please notify the
> sender immediately, delete it and do not copy it to anyone else.
>
> We have checked this email and its attachments for viruses. But you should
> still check any attachment before opening it.
> We may have to make this message and any reply to it public if asked to
> under the Freedom of Information Act, Data Protection Act or for
> litigation.  Email messages and attachments sent to or from any Environment
> Agency address may also be accessed by someone other than the sender or
> recipient, for business purposes.
>
>                                             To report this email as SPAM,
> please forward it to [hidden email]
>
> _______________________________________________
> R-sig-ecology mailing list
> [hidden email]
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
>



--
In God we trust, all others bring data.

        [[alternative HTML version deleted]]

_______________________________________________
R-sig-ecology mailing list
[hidden email]
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
Loading...