Quantcast

clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default

classic Classic list List threaded Threaded
1 message Options
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

clustsig::simprof returns 'Error: argument "undef.zero" is missing with no default

Cesar, Chris P
Hi all,

I'm trying to ID significant clusters in my species abundance data using the simprof function in the clustsig package (version 1.1) in RStudio (R ver 3.3.2, RStudio version 1.0.136).

My taxa are columns and samples are rows.  When I try to run simprof, I get an error telling me:

---------------------------------------------------------------------------------------
Error: argument "undef.zero" is missing, with no default
In addition: Warning messages:
1: This version of the Bray-Curtis index does not use standardization.
2: To use the standardized version, use "actual-braycurtis".
3: See the help documentation for more information.
---------------------------------------------------------------------------------------

From advice skimmed from the archives, I've tried updating clustsig, but still get the same issue.   Has anyone seen/overcome this issue? (For what it's worth, the same code runs fine on another, similarly 0-filled data set I have)

Thanks for any help.

Chris

Distressingly aesthetically displeasing (but reproducible) data/code below:

########################################################################

#### IMPORT DATA {Apologies, it's very messy...}
df<-structure(list(Abratenu = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603
), Austmode = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 137.160307989322,
                0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Capitell = c(0, 0, 0,
                                                                     0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 58.7829891382809, 0, 78.3773188510412,
                                                                     0, 0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 58.7829891382808), Cerstdrm = c(0,
                                                                                                                                            0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                            0, 0, 0, 0, 19.5943297127603), Ceraedul = c(0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                        0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 901.339166786972, 0, 58.7829891382808,
                                                                                                                                                                                        0, 0, 0, 0, 0, 7994.4865228062, 0, 0, 0, 0, 5231.68603330699),
Copepoda = c(0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 19.5943297127603,
             0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 607.424221095569,
             0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Cumogood = c(0,
                                                                     0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0,
                                                                     0, 0, 39.1886594255206, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Eteolong = c(0,
                                                                                                                                      0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                      0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 58.7829891382809), Hausaren = c(0,
                                                                                                                                                                                                       0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                       0, 0, 0, 0, 78.3773188510412, 0, 39.1886594255206, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                       0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0), Laniconc = c(0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                            0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                            195.943297127603, 0, 0, 0, 0, 156.754637702082), Limebalt = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          0, 97.9716485638014, 0, 0, 0, 0, 293.914945691404), Littlitt = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Melipalm = c(0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             0, 0, 0, 0, 0), Mcrphthl = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Nematoda = c(97.9716485638015,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           999.310815350775, 19.5943297127603, 39.1886594255206, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           78.3773188510411, 1097.28246391458, 97.9716485638014, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           313.509275404164, 156.754637702082, 19.5943297127603, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0, 19.5943297127603, 0, 0, 3879.67728312653, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           97.9716485638014, 0, 78.3773188510412, 235.131956553124,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           372.292264542445, 0, 0), Nemertea = c(0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0), Parafult = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Parafulg = c(0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Periulva = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2664.8288409354,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            0, 431.075253680726, 0, 0, 391.886594255207, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            19.5943297127603, 0, 0, 58.7829891382809, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            0), Petrphol = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Phylmuco = c(0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  39.1886594255206, 0, 0, 0, 0, 0), Protchae = c(313.509275404165,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206, 0, 0, 0, 0), Pygoeleg = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  0, 97.9716485638015, 0, 0, 0, 0, 470.263913106248), Scolsqua = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   0, 0, 39.1!
 886594255206, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   0, 0, 0, 0!
 , 117.565978276562, 39.1886594255206, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   0, 176.348!
 967414843, 274.320615978644, 0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   0, 78.3773!
 188510412, 764.178858797652, 0), Scolarmi = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                               0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                               0, 313.509275404165, 0, 0, 0, 0, 333.103605116925), Tharyx = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                              0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                              0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603), Tubipseu = c(0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                0, 0, 0, 0, 176.348967414842), Turbellr = c(0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                            0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                            0, 0, 0, 0), Urotpose = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                      0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                            ), Nephtys = c(0, 0, 78.3773188510412, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                           0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206, 176.348967414843,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                           0, 0, 0, 0, 58.7829891382808, 0, 0, 117.565978276562, 137.160307989322,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                           19.5943297127603, 0, 0, 0, 19.5943297127603), Pontcrts = c(0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                      0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                      0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), Bathypor = c(0, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        0), Corophim = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 58.7829891382808), Eurydice = c(19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             0, 0, 19.5943297127603, 19.5943297127603, 0, 0, 0, 0, 39.1886594255206,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             19.5943297127603, 0, 0, 0, 39.1886594255206, 19.5943297127603,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             333.103605116925, 0, 0, 0, 0, 0, 19.5943297127603, 0, 0,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             235.131956553123, 0)), .Names = c("Abratenu", "Austmode",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Capitell", "Cerstdrm", "Ceraedul", "Copepoda", "Cumogood", "Eteolong",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Hausaren", "Laniconc", "Limebalt", "Littlitt", "Melipalm", "Mcrphthl",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Nematoda", "Nemertea", "Parafult", "Parafulg", "Periulva", "Petrphol",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Phylmuco", "Protchae", "Pygoeleg", "Scolsqua", "Scolarmi", "Tharyx",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Tubipseu", "Turbellr", "Urotpose", "Nephtys", "Pontcrts", "Bathypor",
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               "Corophim", "Eurydice"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             !
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            27L))

## Load package
require(clustsig)
set.seed(4656)
sim <- simprof(df, method.transform = "squareroot",
               method.distance = "braycurtis"); sim
########################################################################

Information in this message may be confidential and may be legally privileged. If you have received this message by mistake, please notify the sender immediately, delete it and do not copy it to anyone else.

We have checked this email and its attachments for viruses. But you should still check any attachment before opening it.
We may have to make this message and any reply to it public if asked to under the Freedom of Information Act, Data Protection Act or for litigation.  Email messages and attachments sent to or from any Environment Agency address may also be accessed by someone other than the sender or recipient, for business purposes.

                                            To report this email as SPAM, please forward it to [hidden email]

_______________________________________________
R-sig-ecology mailing list
[hidden email]
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology
Loading...